У традиції життя духовної школи приділяють велику увагу духовному життю, та духовній опіці семінаристів.
З найбільш уславлених духівників варто виділити преподобного Кукшу Одеського, який опікувався семінаристами у важкі дні гонінь на Церкву періоду «Відлиги».
Місію духовної опіки над студентами духовної семінарії продовжили насельники Свято-Успенського чоловічого монастиря – духовники обителі. Серед священиків, котрі давали духовні настанови студентам є такі великі постаті як: Схіархім. Іона (Ігнатенко), Архім. Нікон (Сморкалов), Архім. Арсеній у схімі Іоіль (Гоєнко).
Сьогодні духовниками семінарії є архм. Філіп (Стецюренко) та архім. Агапіт (Юрков), які продовжують наставляти студентів семінарії у духовному житті, та допомагають їм у тяжких духовних питаннях.