У традиції життя духовної школи приділяють велику увагу духовному обгодуванню семінаристів.

З найбільш уславлених духівників варто виділити преподобного Кукшу Одеського, який опікувався семінаристами у важкі дні гонінь на Церкву періоду «Відлиги».

Лінію духовної опіки продовжили насельники Свято-Успенського чоловічого патріаршого монастиря – духовники обителі.

Схіархім. Іона (Ігнатенко)

Архім. Нікон (Сморкалов)

Архім. Арсеній у схімі Іоіль (Гоїнко)

Сьогодні духовниками семінарії є архм. Пилип (Стецюренко) та архім. Агапіт (Юрков), які продовжують опікувати студентів і вести їх шляхом духовного зростання.

Архім. Філіпп (Стецюренко)

Архім. Агапіт (Юрков)