Одеська духовна семінарія завжди була предметом повсякденного піклування митрополита Агафангела. Завдяки трудам і керівництву Владики, як правлячого архієрея, духовна школа преображається не тільки зовні, але і внутрішньо, з’являються нові викладачі, розширюється склад помічників проректора по виховній роботі.
З благословення Владики здійснюється процес реформування богословської школи, покликаний зберегти традиційні засади духовної освіти, оновити науково-методичну базу та дати можливість випускникам семінарії гідно здійснювати своє служіння у суспільстві, відповідаючи на всі виклики сучасності.
Стараннями Його Високопреосвященства налагоджене духовне життя в семінарії: Владика часто очолює Божественні літургії у монастирі, на яких завжди присутні студенти; щовівторка в соборному храмі монастиря звершується акафісний спів іконі Божої Матері «Млекопитательниця», щоб прищепити любов до Богородиці, Яка своїми молитвами допомагає нам переносити тяжкість багатьох випробувань; піклування про храм-музей дозволяє зберегти пам’ятки історії та ті святині, які були врятовані з вогню атеїстичного радянського режиму; виділено особливе приміщення для молитовної кімнати, де кожен вихованець може прийти та помолитися Господу; завдяки близькості монастиря, Владика призначив духовниками семінарії досвічених архімандритів, які своїм життєвим та духовним досвідом можуть допомогти студентам семінарії зростати у міру своїх сил.
Владика завжди бере участь на початку навчального року, в Актовому дні семінарії, в екзаменаційній сесії та у випускному акті, контролює виконання послухів вихованців та їхню сумлінність у цій справі.
Така активна участь викликана тим, що Одеська духовна семінарія стала другим будинком для митрополита, бо його життєвий шлях часто перетинався з цим місцем, де він навчався і двічі був його ректором.
Віримо і сподіваємося, що митрополит Агафангел і надалі нестиме своє архіпастирське служіння на благо Одеської єпархії та нашої духовної школи.