Одесская духовная  семинария всегда была предметом всегдашнего попечения митрополита Агафангела. Благодаря трудам и руководству Владыки как правящего архиерея духовная школа преображается не только внешне, но и внутренне, появляются новые преподаватели, расширяется состав воспитательского корпуса.

По благословению Владыки осуществляется процесс реформирования богословской школы, призванный при сохранении традиционных устоев духовного образования обновить научно-методическую базу и дать возможность выпускникам семинарии достойно совершать свое служение в обществе, отвечая на все вызовы современности.

Стараниями Его Высокопреосвященства налажена духовная жизнь в семинарии: Владыка часто возглавляет Божественные литургии в монастыре, на которых всегда присутствуют воспитанники семинарии; каждый вторник в соборном храме монастыря совершается акафистное пение иконе Божией Матери «Млекопитательница», чтобы привить любовь к Богородице, Которая своими молитвами помогает нам переносить тяжесть многих испытаний; попечение о храме-музее позволяет сохранить памятники истории и те святыни, которые были спасены из огня атеистического советского режима; выделено особое помещение для молитвенной комнаты, где каждый воспитанник может придти и помолиться Господу; благодаря близости монастыря Владыка назначил духовниками семинарии архимандритов, которые своим жизненным и духовным опытом могут помочь студентам семинарии возрастать в меру своих сил.

Владыка всегда принимает участие в начале учебного года, в Актовом дне семинарии, в экзаменационной сессии и в выпускном акте, контролирует выполнение послушаний воспитанников и их добросовестность в этом деле.

Такое активное участие вызвано тем, что Одесская духовная семинария стала вторым домом для митрополита, ибо его жизненный путь часто пересекался с этим местом, где он учился и два раза был её ректором.

Верим и надеемся, что митрополит Агафангел и дальше будет нести свое архипастырское служение на благо Одесской епархии и нашей духовной школы.