В традиции жизни духовной школы уделяется большое внимание духовному окормлению семинаристов.
Из наиболее прославленых духовников стоит выделить преподобного Кукшу Одесского, который окормлял семинаристов в тяжелые дни гонений на Церковь периода «Оттепели».
Линию духовного окормления продолжили насельники Свято-Успенского мужского патриаршего монастыря – духовники обители.
Схиархим. Иона (Игнатенко)
Архим. Никон (Сморкалов)
Архим. Арсений в схиме Иоиль (Гоенко)
В сегоднешнее время духовниками семинарии являются архм. Филипп (Стецюренко) и архим. Агапит (Юрков), которые продолжают окормлять студентов и вести их по пути духовного роста.
Архим. Филипп (Стецюренко)
Архим. Агапит (Юрков)
